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R&D세액공제 사전심사자료제도

2021-04-06
안녕하세요. 반갑습니다. 국세청에서는 지난해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 도입하여 시행하고 있습니다. 본 동영상은 연구인력개발비 세액공제 사전심사, 줄여서 R&D 세액공제 사전심사 제도에 대한 내용을 안내 드리며, 1. R&D 세액공제 사전심사 제도 개요, 2. 사전심사 처리 과정, 3. 사전심사 효력, 4. R&D 세액공제 관련 개정세법 안내 순으로 진행됩니다. R&D 세액공제를 받고 있거나 받으실 여러분들에게 도움이 되었으면 좋겠습니다. 먼저, R&D 세액공제 사전심사 제도란 무엇인지에 대해 간략히 안내해 드리겠습니다. 기업의 연구개발 활동은 일반적으로 대량의 자금 투입과 오랜 기간이 소요되는 경우가 많은데 비해 연구의 결과에 대한 불확실성이 높아 투자에 대한 위험이 큽니다. R&D 세액공제는 내국법인과 사업소득이 있는 거주자가 연구·인력개발에 투자하는 비용의 일정액을 법인세 또는 소득세에서 공제함으로써, 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기업이 기술축적 및 우수한 인력 확보를 돕는 조세지원 제도입니다. 따라서 R&D 세액공제 사전심사는 이러한 R&D 세액공제를 적용 받으려는 내국법인과 사업소득이 있는 거주자의 신청을 통해 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 도입하여 시행하고 있습니다. R&D 세액공제는 2019년 기준으로 2.4조 원의 공제규모를 가지고 있어 법인세 및 소득세 공제금액 중 대단히 큰 부분을 차지하고 있고, 특히 중소기업의 공제감면액 중에는 50% 이상을 차지하는 중요한 공제 제도로써 많은 기업들의 세금절감에 큰 도움이 되고 있습니다. 하지만 R&D 세액공제는 다른 세액공제·감면제도가 대부분 기업 규모, 업종, 수입금액 등 형식적 요건만 규정하는 것과 달리, 그 특성상 연구과제의 기술적, 과학적 진전 등 실질적 요건까지 부합해야 합니다. 이러한 이유 때문에 공제대상 비용 범위, 연구·인력개발 활동 여부 등에 대해 사업자와 과세관청 간 견해 차이가 상당히 큰 제도로 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우, 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징되는 경우가 발생하곤 합니다. 이런 기업들의 걱정을 해결하기 위해 국세청은 R&D 세액공제 사전심사 제도를 도입하였습니다. R&D 세액공제 사전심사 제도는 기업이 법인세 또는 소득세 신고를 하기 전에 지출한 비용이 R&D 세액공제 적용 가능 비용에 해당하는지를 사전에 심사받을 수 있도록 지원해 신청인의 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여, 기업이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 도입된 조세지원 제도입니다. 그러면 구체적으로 사전심사의 필요성에 대해 설명 드리겠습니다. 기존에는 기업이 자체적으로 공제 가능 여부를 판단하여 R&D 세액공제를 신청하고, 신고기간이 끝난 후 국세청이 세액 공제에 문제가 있어 보이는 업체를 대상으로 신고서 상의 공제금액이 적정한지를 판단하는 신고사후 검증을 하였습니다. 이러한 방식에 따라 공제가 부적정하다고 판단되는 기업은 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징되어 공제를 신청하는 기업에게 불확실성에 따른 위험과 추후 공제부인에 따른 가산세부담을 주었습니다. 이러한 문제점을 해소하기 위해 국세청에서는 R&D 세액공제 사전심사 제도를 신설하여 시행하게 되었습니다. 신청인이 R&D 세액공제 사전심사를 신청하여 결과를 받는 경우, R&D 비용에 대한 세액공제 사전심사를 통해 공제 대상이 되는 금액을 확실하게 파악할 수 있어 불확실성 없는 신고를 할 수 있고, 이로 인해 공제부인에 대한 불안감과 가산세에 대한 부담감을 덜 수 있게 되었습니다. 그럼 이렇게 기업의 불확실성 해소에 도움을 주는 R&D 세액공제 사전심사는 어떤 절차로 진행되는지를 접수, 심사, 결과 통보의 순으로 확인해 보겠습니다. 사전심사 신청이 접수되면 심사를 하고, 심사결과에 대해 결과를 통보해 주는 순서로 진행됩니다. 각각의 상세한 내용을 설명해 드리겠습니다. 먼저 R&D 세액공제 사전심사 신청서를 접수해주셔야 합니다. 신청은 기업이 신청 대상 과세연도에 지출한 비용을 신청대상으로 하고, 지출 예정인 비용도 신청이 가능합니다. 다만, 지출 예정 비용이란 계약서 등의 증빙을 통해 지출이 확실시되는 경우를 말하는 것으로, 단지 기업의 예상으로 지출할 것이 예측되는 비용 등은 해당하지 않습니다. 1년간 지출한 전체 비용은 물론 인건비, 재료비 등의 일부 항목, 또는 연구과제 중 일부 과제 만을 신청하는 것이 가능하며 금액 제한 등은 없습니다. 신청은 법인세와 소득세 신고 전까지 가능하며, 신고 시에 공제 신청하지 않은 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고를 하기 전이라면 언제든지 신청이 가능합니다. 사전심사는 홈택스를 이용하시거나 우편, 세무서 민원실 방문을 통해 접수하실 수 있으며 신청은 R&D 세액공제를 받고자 하는 내국법인 및 사업소득이 있는 거주자. 또는 대리인을 통해서도 신청하실 수 있습니다. 여기서 대리인은 자격의 제한이 없기 때문에 꼭 세무사나 회계사가 아니더라도 신청이 가능합니다. 신청이 접수되면 제출해주신 서류를 검토하는 작업을 진행합니다. 신청하실 때에는 필수적으로 ‘사전심사 신청서‘, ‘연구개발비 명세서‘, ‘연구개발 보고서’를 제출해주셔야 합니다. 해당 서류는 연구인력개발비 세액공제 사전심사 사무처리규정 서식에서 찾아보실 수 있고, 홈택스 신청페이지와 국세청 R&D 세액공제 사전심사 안내페이지에서도 제공하고 있으니 신청을 하고자 하신다면 꼭 작성하셔서 제출하여 주시기 바랍니다. 또한, 필수서류 외에 신청인이 필요하다고 생각하는 추가 증빙서류를 함께 제출 해주실 수 있습니다. 재료비 지출 명세나 인건비 급여 명세, 시제품의 사진 등 진행한 연구와 관련하여 검토에 도움이 될 것으로 생각되는 자료가 있다면 함께 제출하여 주시기 바랍니다. 이러한 제출서류의 검토 결과, 필수서류가 누락되었거나 심사를 위해 필요한 자료가 있는 경우에는 심사담당자가 기간을 정하여 보완을 요청할 수 있습니다. 사전심사 신청서의 제출이 완료되면 우선 제출서류에 대한 검토가 이루어지며 검토 중 R&D 세액공제 신청 대상이 아닌 것으로 판정되는 경우에는 신청이 반려될 수 있습니다. 이미 세액공제를 받은 내용을 신청하거나, 필수 서류의 보완요청 · 추가자료의 제출요청을 거부하는 경우에는 심사를 진행할 수 없어 심사 반려 대상이 됩니다. 또한 단순 법령해석 사항을 심사 신청하거나, 신청 내용이 세무조사나 불복 진행중 등 적정여부 검증을 받고 있는 중에도 심사 신청은 반려될 수 있습니다. 서류에 대한 검토과정이 끝나면 심사 단계에 진입합니다. 심사는 기술 검토와 비용 검토로 구분되며, 기술 검토 후 비용 검토의 순으로 진행됩니다. 기술검토는 기업이 수행하는 R&D 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항 11호, 12호의 ‘연구개발’ 과 ‘인력개발’의 정의에 부합하는지를 확인하는 과정입니다. 해당 조문은 형식적인 요건뿐만이 아닌 실질적인 판단이 필요한 요건을 규정하고 있어 사업자와 과세관청 간 견해 차이가 상당히 큰 경우가 있습니다. 사전심사는 기업의 연구개발 활동이 ‘연구개발’의 정의에 부합하는지를 판단해주고, 만약 심사 결과 공제 대상이 아니라고 결정이 될 시에는 심사 담당자가 신청인에게 공제 대상이 아닌 이유와 향후 공제를 받기 위해 필요한 보완 사항 등에 대한 자문서비스를 제공합니다. 기술검토가 끝나면 비용검토를 진행합니다. 비용검토는 기업이 R&D에 지출한 인건비, 재료비, 위탁공동연구개발비, 인력개발비 등이 조세특례제한법에서 규정한 비용의 범위에 해당하는지를 확인하는 과정입니다. 비용검토 또한 만약 심사 결과 공제 대상이 아니라고 결정이 될 시에는 심사 담당자가 신청인에게 공제 대상이 아닌 이유와 향후 공제를 받기 위해 필요한 보완사항 등에 대한 자문서비스를 제공합니다. 사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 진행합니다. 다만, 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 제출한 서류 외에 추가적인 서류보완 요청이 있을 수 있고 신청인과 협의 하에 최소한의 범위에서 현장확인이 진행될 수 있습니다. 사전심사가 끝나면 심사 결과는 우편으로 통지해 드리며, 심사결과에 대해서는 앞서 안내드린것과 같이 충분한 설명과 세무자문서비스를 제공해드립니다. 사전심사는 법인세 및 소득세 신고 일정에 맞추어 최대한 신속하게 하고 있으나, 신고기한이 가까워져서 많은 신청이 몰리면 결과통지가 늦어질 수 있으니 가능하시다면 조기에 신청해주시는 걸 추천드립니다. 또한, 심사 결과에 대해 이의가 있는 경우에는 1회에 한해 재심사를 청구할 수 있습니다. 중소기업의 기본적인 사전심사를 지방국세청 법인세과에서 진행하는 것과 달리 재심사는 국세청 공익중소법인지원팀에서 전담하여 처리합니다. 결과통지로 사전심사의 과정은 종료됩니다. 이러한 심사 과정에서 무엇보다 중요한 보안 유지에 관해서 추가적으로 설명해 드리겠습니다. 신청인이 신청하면서 제출한 추가자료는 모두 암호를 설정하여 관리하며 전산에 등록된 자료는 심사 담당직원에 한해 열람가능하도록 되어 있습니다. 또한 심사 담당직원은 모두 심사과정에서 알게 된 사항에 대한 비밀 유지 서약을 하고 있으며 신청인과 사적인 이해관계가 있는 심사 담당직원은 해당 사전심사에서 배제하는 규정을 두고 시행하고 있습니다. 또한, 신청자가 제출한 모든 자료는 성실신고 지원 외의 다른 목적으로 사용이 불가능하도록 업무처리규정에 명시하여 업체의 제출 자료, 심사결과 등이 외부로 반출되거나 추후 다른 목적으로 사용되는 일이 없도록 방지하고 있습니다. R&D 사전심사의 접수 및 진행과정에 대해 지금까지 설명해 드렸습니다. 그럼 지금부터는 R&D 사전심사의 효력에는 어떤 것들이 있는지 확인해보도록 하겠습니다. 사전심사를 받고 사전심사 결과 통지 내용에 맞추어 법인세 또는 소득세 신고를 한 신청자에게는 사후관리대상 제외와 가산세 면제의 효력이 부여됩니다. 국세청에서는 신고기한이 끝난 후 기업의 신고에 문제가 없는지 사후관리를 진행하고 있습니다. 그 중 신고내용 확인은 신고내용 중 특정 항목이나 유형의 오류, 누락 등 혐의가 있는 것으로 보이는 기업에게 수정신고를 안내하는 제도를 말합니다. R&D 세액공제 사전심사를 받아 이미 사전에 검증이 된 업체는 이러한 신고내용 확인 대상자에서 제외됩니다. 사후관리에는 신고내용 확인 외에도 감면 사후관리가 있습니다. 감면 사후관리는 공제나 감면을 받은 기업들 중 요건을 불충족한 것으로 보이거나 중복공제가 의심되는 기업들에게 공제가 적정했는지를 확인하는 제도입니다. 신고내용 확인과 마찬가지로 R&D 세액공제 사전심사를 받아 사전에 공제 가능 여부를 검증하여 반영한 업체는 감면 사후관리 대상자에서도 제외됩니다. 다음으로 설명해 드릴 사전심사 효력은 과소신고가산세 면제입니다. 사전심사는 기업이 R&D 세액공제 사전심사에 따라 신고를 하였으나 이후에 세무조사나 법령 해석변경 등으로 과세처분이 될 경우, 심사를 받은 부분에 대해서는 과소신고 가산세를 면제해 주는 효력을 부여해줍니다. 따라서 사전심사를 받고 이를 반영하여 신고한 기업은 추후 가산세에 관한 불확실성을 없앨 수 있습니다. 다만, 사전심사 과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사전심사 때와 사실관계의 변경, 누락 등이 있어 탈루혐의가 확인된 경우에는 과소신고가산세 면제 및 사후관리대상 제외의 효력을 부여받을 수 없으니 주의하여 주시기 바랍니다. 이상으로 R&D 세액공제 사전심사와 관련한 안내를 마치겠습니다. 마지막으로 R&D 세액공제와 관련하여 최근 개정된 세법을 안내해드립니다. 납세자의 신청에 따라 국세청이 R&D 세액공제의 적정 여부를 사전에 심사해 주는 연구인력개발비 세액공제 사전심사 제도가 신설되었습니다. 2020년 1월 1일부터 시행하여 현재 운영 중에 있습니다. 연구인력개발비 세액공제 사후관리가 강화되었습니다. 기존에는 증빙 없이 신청서와 명세서만 제출하면 되었지만 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터는 연구계획서, 연구보고서의 작성·보관이 의무화되었습니다. 신성장 연구의 경우에는 연구노트 또한 작성·보관이 의무화되었으니 주의하시기 바랍니다. 세액공제 신청 시에는 기존의 신청서, 명세서 외에도 연구과제 총괄표를 제출하는 것이 의무화되었습니다. 기존에 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제 제외한다는 규정에서 공제 제외되는 비용을 명확화 하였습니다. 기업의 사업운영·관리·지원활동과 관련된 시스템의 개발 관련 위탁비용은 모두 공제 대상에서 제외되므로 공제에 주의하여 주시기 바랍니다. 인건비 중 퇴직과 관련하여 기존에 퇴직소득, 퇴직급여충당금과 함께 퇴직연금 보험료가 공제 제외 대상에 포함되었습니다. 또한 성과급은 공제 대상에서 제외하다가 이번 개정 이후부터 공제 대상으로 변경되었습니다. 해당 개정은 연말연초가 아닌 2019년 2월 12일 이후에 개시하는 과세연도 분부터 반영되므로 공제금액을 계산할 때 잘못된 법령을 반영하지 않도록 주의를 기울여주시기 바랍니다. 기존에 서비스 R&D는 자체 R&D 비용만이 공제 대상이어서 위탁·공동 R&D 비용까지 공제가 가능한 과학기술 R&D와 달라 공제 범위를 헷갈리는 경우가 많았는데, 이에 관한 내용이 개정되어 서비스 R&D관련 위탁·공동 R&D비용도 공제가 가능하게 되었습니다. 다만, 이는 과학기술과 결합된 서비스 R&D만 가능하므로 전체 서비스 R&D가 아님에 주의해야 합니다. 기존에 명확하지 않았던 연구소 등과 관련한 R&D 비용의 세액공제 배제사유 및 시점이 구체화되었습니다. 앞으로는 연구소 등의 인정취소에 대해 사유에 따라 공제 배제 시점을 나누어 적용할 수 있게 되었는데, 거짓·부정한 방법으로 연구소 등을 인정받은 것이 확인될 경우에는 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터, 인정기준 및 준수사항을 위반한 것으로 밝혀진 경우는 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일부터, 그리고 기업이 인정취소를 자발적으로 요청하는 경우에는 인정취소일부터 R&D 비용의 공제가 배제됩니다. 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 해당하는 분부터 시행되므로 참고해주시기 바랍니다. 이상으로 R&D 세액공제 사전심사 제도 안내를 모두 마치도록 하겠습니다. 긴 시간 동안 시청해주셔서 대단히 감사합니다. R&D 세액공제 및 사전심사 제도에 관해 궁금한 점이 있으실 경우 국세청 법인납세국 공익중소법인지원팀(전화번호 044-204-3923~9)문의주시면 친절하게 안내해 드리겠습니다. 감사합니다.

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