기업이 연구·인력개발비 세액공제 신청 전 적정 여부를 사전에 확인받을 수 있는 제도가 있다는 사실. 알고 계시나요? 국세청은 특히, 기업의 연구개발활동 지원을 강화하기 위해 올해 우선심사 대상에 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’, ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청을 추가했다고 밝혔는데요. 이 밖에도 사전심사 신청 절차와 방법. 화면으로 함께 알아보겠습니다. 국세청에서는 기업의 연구개발 투자 활성화를 위해 연구․인력개발에 지출한 비용을 법인세나 소득세에서 공제하고 있는데요. 이렇게 연구․인력개발비 세액공제는 조세 절감 효과가 큰 반면 연구·인력개발 활동 여부와 공제 대상 비용 범위에 대해서는 납세자와 과세 관청 간 이견이 발생하기도 합니다. 특히, 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 그동안 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있어 세액공제 적정 여부에 대한 점검이 필요한데요. 이에 국세청은 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 기업의 연구･인력개발 활동을 지원하기 위해 2020년부터 ’연구․인력개발비 세액공제 사전심사‘ 제도를 시행하고 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있는데요. 법인세나 소득세 신고 전까지 사전심사를 신청하면 되며, 법인세나 소득세 신고 이후에는 세액공제 신청 누락분에 대해 경정청구나 수정신고, 기한 후 신고 이전까지 홈택스나 우편, 방문 접수를 통해 신청할 수 있습니다. 이때, '연구·인력개발비 사전심사 신청서’와 함께 연구개발비 명세서, 연구개발 보고서를 비롯해 그 밖의 공제 대상임을 입증할 수 있는 연구노트, 급여대장, 재료비 집행내역 등의 서류를 제출해야 하는데요. 신청 시 제출서류뿐만 아니라 보완서류도 홈택스로 제출할 수 있으며, 연구소 인정서, 지식 재산권 등록자료 등 국세청이 자체 수집 가능한 자료는 신청 시 제출하지 않아도 됩니다. 이렇게 신청을 하면, 국세청은 사전심사 신청 건에 대해 세법상 연구개발 해당여부와 비용 적정성, 두 가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하는데요. 이때, 연구․인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 심사를 신청할 수 있습니다. 또한, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발활동 여부 심사만 별도로 신청하는 것도 가능한데요. 다만, 세액공제를 이미 신청했거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청 건은 심사에서 제외될 수 있습니다. 특히, 사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 서면 심사를 원칙으로 하며, 심사담당자가 제출된 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의 하에 현장 확인을 할 수 있는데요. 이때, 제출한 모든 문서는 암호화하고 열람 권한을 심사 담당자로 제한하는 등 철저히 관리하고 있으며, 결과통지 전 담당자는 신청인에게 연락해 심사 내용에 대한 상세한 설명과 보완사항을 안내하고, 올해부터 신청인이 지정한 세무대리인에게도 심사 결과를 통지해, 신속·편리하게 사전심사 결과를 법인세나 소득세 신고에 반영할 수 있도록 했습니다. 이 밖에도, 올해부터는 지난해 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에게 제공하던 ‘사전심사 우선처리’ 서비스를 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’ 과 ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청까지 확대 적용하는데요. 우선처리 지원대상의 경우 조기처리 가능한 직원이 담당자로 지정되고, 접수 이후 14일 경과 시 진행 상황을 전화로 안내하며, 심사결과 통지서를 우편발송 전 이메일 등으로 먼저 고지하고 있습니다. 특히, 접수 이후 사전심사가 부득이 1개월 이상 소요될 경우, 처리 지연 사실과 그 사유를 통지하며, 기업의 실무자가 연구·인력개발비 세액공제와 사전심사제도를 쉽게 이해할 수 있도록, 전문심사관이 지난해부터 진행하고 있는 온라인설명회를 확대 시행할 예정입니다. 한편, 신청인이 사전심사 결과에 따른 연구·인력개발비 세액공제 금액을 반영해 법인세나 소득세를 신고할 경우, 심사신청 내용에 대해서는 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 제외하는데요. 또한, 사전심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세 처분이 되더라도 과소신고 가산세를 면제받을 수 있습니다. 이 밖에도 전담팀이 심사과정에서 상세한 컨설팅으로 연구·인력개발비 세액공제 요건 구비를 도와주는 것은 물론 결과에 대한 설명과 함께 보완사항 등을 알려 향후 발생할 수 있는 세무상 위험도 줄일 수 있습니다. 국세청은 앞으로도 사전심사 제도를 통해 기업이 세무상 불확실성을 해소하고 미래 성장동력을 확보할 수 있도록 연구개발 활동에 대한 지원을 강화할 방침인데요. 연구·인력개발비 세액공제 신청을 앞두고 있다면, 국세청 사전심사 꼭 활용해 보시기를 바랍니다.