국세청에서는 기업의 연구개발 투자 활성화를 위해 연구․인력개발에 지출한 비용을 법인세나 소득세에서 공제하고 있는데요. 하지만, 연구·인력개발 활동 여부와 공제 대상 비용 범위에 대해서는 납세자와 과세 관청 간 이견이 종종 발생합니다. 특히, 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있어 세액공제 적정 여부에 대한 확인이 필요한데요. 이에 국세청은 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 기업의 연구･인력개발 활동을 지원하기 위해 2020년부터 ’연구․인력개발비 세액공제 사전심사‘ 제도를 시행하고 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사란 연구·인력개발비 세액공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 대해 국세청장에게 미리 심사를 요청할 수 있는 제도로, 사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있는데요. 법인세나 소득세 신고 전까지는 사전심사를 신청해 심사 결과를 신고내용에 반영할 수 있으며,법인세나 소득세 신고 후에는 신고누락분에 대해 경정청구나 수정신고, 기한 후 신고 이전까지 신청할 수 있습니다. 사전심사는 연구․인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 할 수 있며, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정 과제에 대해서만 신청하는 것도 가능한데요. 특히, 지난해 7월부터는 세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동 여부만도 신청할 수 있도록 개선됐습니다. 신청을 할 때는 '연구·인력개발비 사전심사 신청서’와 함께 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제 대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 하는데요. 신청은 홈택스나 우편,방문 접수를 통해 할 수 있습니다. 이렇게 사전심사를 신청하면 국세청은 신청한 연구․인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하는데요. 이때, 기술 검토는 본청 공익중소법인지원팀에서, 비용심사는 기업 규모별로 구분해 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익 중소법인 지원팀에서 심사를 담당합니다. 또한, 사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면 심사를 원칙으로 ① 서류 확인(보완요청) ② 서면 심사(기술·비용검토) ③ 현장 확인(필요시) ④ 검토보고서 작성 ⑤ 결과통지 순으로 진행되는데요. 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장 확인이 진행될 수 있으며, 심사담당자는 진행 과정에서 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항과 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구․인력개발비 세액공제에 대한 세무 컨설팅을 제공합니다. 특히, 심사 결과에 이의가 있는 경우에는 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있습니다. 특히, 올해부터는 기존 우편·방문 접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출할 수 있게 개선됐으며, 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성이 더욱 강화됐는데요. 홈택스 신청화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 관련 지출에 대한 연구·인력개발 세액공제 할 수 있는 금액을 간편하게 계산해 볼 수 있고, 신청기업이 연구 활동 입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서 등을 제출서류에서 제외했습니다. 이렇게 사전심사 결과에 따라 신고한 경우 사전심사 신청 내용에 대해서는신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 제외되며,혹시라도 세무조사 등으로 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도, 과소신고 가산세가 면제되는데요. 이 밖에도 사전심사 신청 시 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅 등의 자문 서비스가 제공됩니다. 사전심사 제도는 기업의 성실신고를 지원하기 위해 도입된 일종의 컨설팅 제도로 의무적으로 신청해야 하는 것은 아닌데요. 다만, 공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소하고 신고에 활용할 수 있는 만큼 꼭 신청해보시기를 바랍니다.